排污权交易是指在一定的区域内，在污染物排放总量不超过允许排放量的前提下，政府将排污权有偿出让给排污者，并允许排污权在二级市场上进行交易。内部各污染源之间通过货币交换的方式相互调剂排污量，从而达到减少排污量、保护环境的目的。

(1) 环境容量及其价值的确定。排污总量是排污权交易的上限，不能超过环境容量。所以排污权交易首先要确定环境容量，对环境容量进行科学的评价与计算。政府管理机构应根据环境目标控制点的环境质量标准，结合污染物的扩散模式，确定区域内的污染物允许排放量，即环境容量。由于排污权交易是对环境容量这种资源进行交易，所以，要求确定环境容量这一资源的价值。目前评价环境价值的评价方法大致有成本效益法、直接市场法、替代市场法和假想市场法等。
(2) 排污权配置。排污权初始配置是在制定排污总量的基础上，对环境容量这一公共资源的使用权实行公正的分配，排污权初始配置直接涉及到排污单位的经济利益，并且影响到环境容量资源的配置效率。如何在现有污染源之间、以及现有污染源与将来污染源之间进行合理有效的排污权分配，成为排污权交易的首要问题。国外现有的配置方法主要有政府无偿分配方式和有偿分配方式。有偿分配方式一般在政府指定统一价格后在拍卖市场拍卖，通过市场竞争方式达到帕累托效率最优。
(3) 确定排污权交易的时空交易折算指标体系———又称为折现率。由于在不同的排放地点、排放时间，以及不同的污染物，对受控点具有不同的浓度贡献，而受控点环境质量标准是唯一的，所以排污权交易不能按照一般商品的交易原则进行。也就是说，排污权交易不能用同一的价格尺度标准来进行，政府必须根据受控点环境容量的时空特性，以及不同污染物之间的单位排放量的污染程度，制订一套交易的折算指标体系。根据污染物排放在空间位置和时间上的分布，不同污染物的折算指标体系表现为复杂的时空网络体系。

(1) 制订确保排污权顺利交易的相应办法、规则和制度在排污权初始配置的拍卖和市场交易过程中，都需要按照一定的规则进行，才能确保交易秩序。政府要根据排污权拍卖市场的运行机制和排污权交易的市场机制分别制订合理的规则。如对交易程序的规定:想转让排污权的单位，应向某级政府排污许可证管理部门提出申请，经调查监测，确认其具备了超额削减污染物的能力的，方可发放证书或签协议确认等。对成交后违反交易合同的，政府应制订相应的惩罚制度等。
(2) 要修改、完善有关法规、标准。排污权交易是利用市场的机制来控制环境污染，使受控点环境达到质量标准，并且使污染物削减的总费用最小，这就要求政府制订相应的边界法规，从法律上约束和促进排污权交易向经济有效性方向推进。如制订超总量排污价格，超标准排污价格等必须明显高于相应污染物削减处理的平均费用，这种高价格的制订，使排污单位出于自身经济利益的考虑去寻找较经济的污染物削减办法。
(3) 信息收集排污权交易是通过具有不同边际成本的污染源进行交易来实现资源合理配置的，所以在进行排污权交易时，需要大量的有关价格、需求量和供给量、需求单位和供给单位等市场信息，信息收集的程度将直接影响交易成本和交易成功率。如果信息不充分，就会导致交易价格上升，交易成功率就下降。
(4) 政府监督。在排污权交易的整个过程中必须有政府的监督行为，政府要利用各种自动的连续的监测手段对污染源实行技术监测。如排污单位提出排污权出售申请，则政府就要通过对其排污源的技术监测核实该单位削减额外污染物的能力，在确认后才能批准出售申请。对交易成交后，政府监督则可促使排污权交易双方完成其承诺的污染责任，保证排放的污染物数量不超过其分配或购买的排放量，以督促交易双方履行交易合同的保证。除了在量上政府需要把关外，排污权交易在空间和时间的分布上也需要政府监督。可以想象，离开政府监督的排污权交易是无法达到环境控制目的的。