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蓝藻，是一门最原始、最古老的藻类植物。一般说，凡含叶绿素a和藻蓝素量较大的，细胞大多呈蓝绿色。同样，也有少数种类含有较多的藻红素，藻体多呈红色。有不少蓝藻可以直接固定大气中的氮，以提高土壤肥力，使作物增产；还有的蓝藻成为人们的食品，如著名的发菜和普通念珠藻（地木耳）等。但在一些营养丰富的水体中，有些蓝藻常于夏季大量繁殖，并在水面形成一层蓝绿色而有腥臭味的浮沫，称为“水华”，甚至有些种类还会产生一些毒素，加剧了水质恶化，对鱼类等水生动物，以及人、畜均有很大危害。
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定义1：
富营养化淡水水体中蓝藻的爆发性繁殖可能产生二级毒性代谢物,称为蓝藻毒素,其中以微囊藻毒素（Microcystins,MCYSTs,MCs）为主。
定义2：
蓝藻可产生多种毒素,称为蓝藻毒素.根据其所产毒素的功能,可将毒素分为肝毒素、神经毒素和细胞毒素.此外,蓝藻还产生脂多糖(LPS)以及其他有潜在药理作用的次级代谢产物。
蓝藻爆发，使太湖水发臭、发浑。中新社 丁焕新 摄
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蓝藻的藻体具有特殊的色素，一般呈蓝色，是藻类中最原始的类群。细胞内没有真正的细胞核，仅有核质，不具核仁和核膜。蓝藻是广适性藻类，在85℃的温泉中，在高山的冰雪中，在海洋及淡水中均有生存。蓝藻可以消耗水中的溶解氧，当蓝藻大量繁殖时，水中的溶解氧浓度也迅速降低，造成鱼虾、螺蛳等水生物的死亡，使水体遭受污染。尽管是死亡的蓝藻，它在被细菌分解的过程中还是会产生毒素。太湖和滇池都曾深受蓝藻污染之苦。
河流湖泊中，蓝藻含量过高是否会对人体有影响，目前还没有明确的说法，但从实验结果来看，它对肝、脾都有一定的影响。
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