对比环境保护部改革前后的职能中可以看出非常明显的一点，改革之前的职能多用“拟定”、“制定”字眼，而改革之后的职能则多用“负责”和“承担”，从一个角度体现了环保部职能的加强。
　　 对于从2007年开始受到广泛关注的规划环评，新“三定”方案明确规定，环保部受国务院委托对重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发计划进行环境影响评价，按国家规定审批重大开发建设区域、项目环境影响评价文件。这一职能的加强将极大推动规划环评这一战略性环境评价工作在中国的健康发展，有效地实现从源头遏制污染。
　　 污水排放许可审批权下放在职责调整方面，新“三定方案”提出了水污染物排放许可证的审批和发放职责，将交给地方环境保护行政主管部门。
　　水环境信息由环保部发布： 针对与水利部门职能交叉的问题。此次的“三定方案”中对“治水”方面的职责分工作出明确规定，环保部对水环境质量和水污染防治负责，水利部对水资源保护负责。水环境信息此次明确由环境保护部发布，并对信息的准确性、及时性负责。水利部发布水文水资源信息中涉及水环境质量的内容，应与环境保护部协商一致。

根据2008年7月份国务院批复的水利部三定方案，水利部主要职责和内设机构有局部调整，最大的变化是强化了水资源的统一管理，包括再生水等非传统水源的管理。新设安全监督司，强化对各地水政监察的指导，这也是在水资源短缺日益突出的形势下，依法加强水资源统一管理、有效解决水资源调配过程中诸多矛盾的需要。
　　水利部下设12个内设机构，分别是：办公厅、规划计划司、政策法规司、水资源司(全国节约用水办公室)、财务司、人事司、国际合作与科技司、建设与管理司、水土保持司、农村水利司、安全监督司，以及国家防汛抗旱总指挥部办公室。

为了强化“三定”的内容，体现其相对刚性特征，国务院在确定“三定”内容时，将“方案”变更为“规定”。这是一种进步，目的是彰显“三定”的严肃性。从名称上看，以往称为“三定”方案，本次改革称为“三定”规定。

本次“三定”在权力分配上也和以往有所区别。该拿掉的拿掉。该增加的增加。 该强化的强化。比如环保总局到环保部的转变，正说明了这一点。再比如能源管理和住房保障，都体现了强化的原则。

这次行政体制改革和过去不同之处，提出职能统一大部制这样一种改革思路……大部制改革然后建立一个决策、执行、监督这三者相互协调，又相互制约的权力机构。

“三定”方案是一个内部的工作规范，而“三定规定”实质上是一个不太符合要件的行政法规。因此称为有法律效力的规范性文件。对比而言，规定更具有正式性、稳定性和规范性。这次“三定规定”的最大特点是透明和公开。